Sa svrhom upravljanja Programom uspostavljena su tijela navedena u tablici:

Provedbeno tijelo Odgovorna institucija
Upravljačko tijelo (UT) Ministarstvo vanjskih poslova i vanjske trgovine, Budimpešta, Mađarska
Nacionalno tijelo (NT) Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije Republike Hrvatske, Zagreb
Tijelo za ovjeravanje (TO) Mađarska državna riznica, Budimpešta
Tijelo za reviziju (TR) Opća uprava za reviziju fondova Europske unije, Budimpešta
Zajedničko tajništvo (ZT) U Budimpešti i Pečuhu, u okviru Széchenyi Programiroda Nonprofit Kft.
ZT Kontakt točke u Osijeku i Čakovcu
Kontrolna tijela Mađarska: Széchenyi Programiroda Nonprofit Kft.
Hrvatska:  Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije Republike Hrvatske, Zagreb

Odbor za praćenje (OP/MC) tijelo je koje donosi odluke te prati i nadzire provedbu Programa.