Sa svrhom upravljanja Programom uspostavljena su tijela navedena u tablici:
| Provedbeno tijelo | Odgovorna institucija |
|---|---|
| Upravljačko tijelo (UT) | Ministarstvo vanjskih poslova i vanjske trgovine, Budimpešta, Mađarska |
| Nacionalno tijelo (NT) | Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije Republike Hrvatske, Zagreb |
| Tijelo za ovjeravanje (TO) | Mađarska državna riznica, Budimpešta |
| Tijelo za reviziju (TR) | Opća uprava za reviziju fondova Europske unije, Budimpešta |
| Zajedničko tajništvo (ZT) | U Budimpešti i Pečuhu, u okviru Széchenyi Programiroda Nonprofit Kft. |
| ZT Kontakt točke | u Osijeku i Čakovcu |
| Kontrolna tijela | Mađarska: Széchenyi Programiroda Nonprofit Kft. Hrvatska: Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije Republike Hrvatske, Zagreb |
Odbor za praćenje (OP/MC) tijelo je koje donosi odluke te prati i nadzire provedbu Programa.
