A programirányító struktúra:

Program végrehajtó intézmény Felelős szervezet
Irányító Hatóság Külgazdasági és Külügyminisztérium, Budapest, Magyarország
Nemzeti Hatóság Horvát Területfejlesztési és EU alapok Minisztériuma, Zágráb, Horvátország
Igazoló Hatóság Magyar Államkincstár, Budapest, Magyarország
Ellenőrzési Hatóság Európai Támogatásokat Auditáló Főigazgatóság, Budapest, Magyarország
Közös Titkárság (KT) Széchenyi Programiroda Nkft. keretein belül, Pécsett és Budapesten, Magyarország
KT Kontakt Pontok Eszéken és Csáktornyán, Horvátország
Ellenőrző szervek

Magyarországon: Széchenyi Programiroda Nkft.
Horvátországban: Horvát Területfejlesztési és EU alapok Minisztériuma

A Monitoring Bizottság (MB) a program döntéshozó szerve, amely felügyeli és ellenőrzi a Program végrehajtását.