A két ország közötti első kétoldalú Interreg program, a Magyarország-Horvátország (IPA) Határon Átnyúló Együttműködési Program sikeres megvalósítása által komoly alapot teremtett a további közös fejlesztésekhez. Az akkori újdonságok közé tartozott a vezető kedvezményezetti elv és az úgynevezett egységes szabályrendszer (single set of rules), amely szerint mind a magyar, mind a horvát partnerszervezetek EU-s külső közbeszerzési szabályokat (lásd PraG) kellett alkalmazzanak szerződéseik odaítélésekor, emellett pedig az irányítási struktúrák is egységesedtek (így állt fel egyetlen Irányító-, Igazoló- illetve Ellenőrző Hatóság a már akkor uniós tagállam Magyarországon, valamint ekkor jött létre a Közös Technikai Titkárság is mint a program fő operatív közös szerve). Komoly hangsúlyt helyeztek Horvátországra mint uniós tagjelölt országra, mivel a program és annak pályázási és projektvégrehajtási szabályai hozzájárultak a horvát szervezetek felkészítéséhez az uniós csatlakozás után hatályos ERFA-szabályok majdani alkalmazására.
A program hét évre 52 433 025 euró uniós támogatást különített el, és két prioritásán belül (Fenntartható környezet és turizmus, valamint Együttműködő gazdaság és közösségek közötti humánerőforrás-fejlesztés) széleskörű lehetőségeket kínált a potenciális kedvezményezetteknek. Támogatásra jogosultak voltak a természet és a természeti értékek védelmét szolgáló infrastrukturális fejlesztések; közös programok, tanulmányok, a környezetvédelem javítását célzó stratégiák kidolgozása; új kerékpárutak építése vagy kijelölése; turisztikai látványosságok és kapcsolódó infrastrukturális létesítmények fejlesztése; a hátrányos helyzetű emberek integrációjához és a munkaerőpiacra való visszatéréshez vezető utak megteremtésének előmozdítása; infrastrukturális és eszközkapacitások fejlesztése a kutatás területén; közös megvalósíthatósági tanulmányok készítése; közös tantervek és közös képzési létesítmények fejlesztése; emberek közötti kapcsolatokat célzó tevékenységek, mint például fesztiválok, előadások, színházi túrák, koncertek, kiállítások, művészeti műhelyek, jótékonysági rendezvények, határokon átnyúló amatőr sportbajnokságok és versenyek; valamint a nyelvi akadályok csökkentését célzó tevékenységek a határ két oldala között.
A program végrehajtása során három nyílt pályázati felhívás keretében összesen 164 projekt valósult meg sikeresen, amelyek listája erre a linkre kattintva érhető el.