Az Interreg VI-A Magyarország-Horvátország Program a határokon átnyúló, transznacionális és interregionális programok hálózatához tartozik, amelyek az Európai Unió kohéziós politikájának fontos részét és célkitűzését képezik. Az Interreg programok hozzájárulnak az EU általános gazdasági, társadalmi és területi kohéziójához azáltal, hogy reagálnak az országok és régiók közötti, határokon átnyúló kihívásokra. Az Interreg programok céljai többek között a közös identitás megteremtése, az integrált fizikai tér létrehozása, a kiegyensúlyozott fejlődés elősegítése, valamint a magasabb minőségű közpolitikák és azok sikeres megvalósítása irányába tett lépések. E célok elérése érdekében a határokon átnyúló együttműködési programok (CBC programok) azonosítják a határrégiókban felmerülő közös kihívásokat, és közös intézkedéseket tesznek azok kezelésére.
A Magyarország és Horvátország közötti együttműködési program a 2007-2013-as Magyarország-Horvátország (IPA) CBC Program és a 2014-2020-as Interreg V-A Magyarország-Horvátország Együttműködési Program utódja. Horvátország EU-csatlakozása óta a kétoldalú programok társfinanszírozását az Európai Regionális Fejlesztési Alap (ERFA) nyújtja, amit Magyarországon kormányzati társfinanszírozás is kiegészít. Így a kohéziós politika eszközeinek programozását és végrehajtását szabályozó elvek és legjobb gyakorlatok teljes mértékben alkalmazhatók az Interreg programokban is. Az előző két programozási időszak tapasztalatainak többsége releváns a jelenlegi programra is, amely célkitűzéseit és tartalmát tekintve erős folytonosságot mutat elődeivel.
Korlátozott hatóköre és specifikus határokon átnyúló jellege miatt a program vezérelve bizonyos tématerületeken belül együttműködésen alapuló, pályázati úton kiválasztott együttműködések és kísérleti projektek támogatása, néhány nagyobb léptékű stratégiai beavatkozás mellett. A hangsúlyok ebben a programidőszakban a következőkön vannak: a gazdasági együttműködés kis- és közepes vállalkozások aktív bevonásával megvalósuló élénkítése; az energiahatékonyság növelése és az üvegházhatású gázok kibocsátásának csökkentése; az éghajlatváltozáshoz való alkalmazkodás, valamint a kockázat-megelőzés és az ellenállóképesség javítása; a határátkeléssel kapcsolatos fizikai akadályok számának csökkentése a regionális és helyi mobilitás fejlesztésével, beleértve a TEN-T hálózatokhoz való hozzáférés javítását is; az inkluzív és minőségi szolgáltatásokhoz való egyenlő hozzáférés javítása az oktatásban, a képzésben és az élethosszig tartó tanulásban; a kultúra és a fenntartható turizmus szerepének fokozása a gazdasági fejlődés és a társadalmi integráció és innováció érdekében; a közigazgatás hatékonyságának javítása a jogi és közigazgatási területen való együttműködés, valamint a polgárok, a civil társadalmi szereplők és az intézmények közötti együttműködés támogatásával; valamint a kölcsönös bizalom további építése, különösen az emberek közötti (kulturális, sport- és egyéb) kapcsolatok ösztönzésével.
A 2021 és 2027 közötti program fókusza a már meglévő együttműködési hálózatok megerősítésére és bővítésére is kiterjed, hozzájárulva a határon átnyúló dinamikus és tartós együttműködés alapjainak további megszilárdításához. Emellett a program továbbra is fenntartja a fenntartható gazdasági együttműködés ösztönzésére tett hangsúlyt, párhuzamosan a fent vázolt többi tevékenység folytonosságával.