A Program hosszú távú céljainak megvalósítása érdekében öt prioritási tengely és a bennük szereplő beruházási prioritások és beavatkozási területek eszközként szolgálhatnak a régió stratégiai fejlesztéséhez:

Prioritási tengely Beruházási prioritás
1-es prioritási tengely – A KKV-k versenyképességének fokozása 3c - A korszerű termék- és szolgáltatásfejlesztési képességek megteremtésének és bővítésének támogatása
2-es prioritási tengely – A természeti és kulturális erőforrások fenntartható hasznosítása 6c - A természeti és kulturális örökség megőrzése, védelme, elősegítése és fejlesztése
6d - A biológiai sokféleség és a talaj megóvása, helyreállítása valamint az ökoszisztéma-szolgáltatások elősegítése, többek között a NATURA 2000 és a zöld infrastruktúrák révén
3-as prioritási tengely – Együttműködés: Intézményi kapacitások bővítése és hatékony közigazgatás 11 - A hatóságok és az érdekelt felek intézményi kapacitásának és a közigazgatás hatékonyságának javítása a jogi és közigazgatási együttműködés, valamint az állampolgárok és az intézmények közötti együttműködés támogatása révén
4-es prioritási tengely – Oktatás: az oktatásba és a képzésbe, többek között a szakképzésbe történő beruházás a készségek fejlesztése és az egész életen át tartó tanulás érdekében 10 - Az oktatásba, a képzésbe és a szakképzésbe történő beruházás a készségek fejlesztése és az egész életen át tartó tanulás érdekében a közös oktatási, szakképzési és képzési rendszerek kidolgozása és megvalósítása révén
5-ös prioritási tengely – Technikai segítségnyújtás nem releváns

1-es prioritási tengely – A KKV-k versenyképességének fokozása

Beruházási prioritás - A korszerű termék- és szolgáltatásfejlesztési képességek megteremtésének és bővítésének támogatása
A befektetési prioritás a hozzáadott értéket teremtő iparban és szolgáltatásokban érdekelt vállalkozásokat hivatott támogatni a termékeikre és szolgáltatásaikra irányuló fejlesztések fellendítésével. Mindezekhez olyan közös gazdaságfejlesztési tevékenységeket rendel, amelyek magasabb bruttó hozzáadott értéket generálnak, és amelyeknek pozitív hozadékaként lehetséges új piacok nyílhatnak meg a vállalkozások előtt.

2-es prioritási tengely – A természeti és kulturális erőforrások fenntartható hasznosítása

Beruházási prioritás - A természeti és kulturális örökség megőrzése, védelme, elősegítése és fejlesztése
Beruházási prioritás - A biológiai sokféleség és a talaj megóvása, helyreállítása valamint az ökoszisztéma-szolgáltatások elősegítése, többek között a NATURA 2000 és a zöld infrastruktúrák révén

A régió gazdag természeti és kulturális örökséggel rendelkezik, amelyekbe jelentős számú védett terület is beletartozik. Az örökségben rejlő potenciál a fejlesztések által jobban kiaknázhatóvá válik, amelynek nem elhanyagolható a gazdasági növekedést generáló és a bevételt növelő hatása sem. Az értéknövelő befektetések mellett az épített környezet veszélyeztetett elemeire irányuló, szakmailag alátámasztott beruházások is növelik a turisztikai vonzerőt. A turisztikai vonzerőt képező látványosságok fejlesztése, illetve azok hozzáférhetővé tétele, feltételezhetően növelni fogja majd a régióba látogatók számát. Ez pedig általános bevétel növekedést és jobb megélhetést biztosít a turizmusból élők számára.

Ez különösen abból a szempontból fontos, hogy a már meglévő és a további, potenciális turisztikai attrakciók elérhetőségének fejlesztése egyik kiemelt célja a jelen prioritási tengelynek (például a természeti és kulturális értékek közös használata, turistaútvonalak fejlesztése, hajó-összeköttetések fejlesztése a folyók partjai között).

A fel nem robbant lőszerektől és taposóaknáktól mentesített terepek (mind a magyar mind a horvát oldalon) jelentősen megnövelik majd a fenntartható természetvédelembe bevont területek arányát.

3-as prioritási tengely – Együttműködés: Intézményi kapacitások bővítése és hatékony köz gazgatás

Beruházási prioritás - A hatóságok és az érdekelt felek intézményi kapacitásának és a közigazgatás hatékonyságának javítása a jogi és közigazgatási együttműködés, valamint az állampolgárok és az intézmények közötti együttműködés támogatása révén

A határon átnyúló együttműködés csak akkor lehet igazán hatékony, ha abban a szervezetek, intézmények igen széles köre szerepel (közintézmények, civilszervezetek, gazdasági társaságok stb.). Ezen szervezetek bármilyen kombinációja elképzelhető tekintet nélkül a határokra, a területi kormányzási feltételekre és az intézményi formákra. Az együttműködéseknek természetesen a különböző területi stratégiákban, dokumentumokban kidolgozott (fejlesztési) irányokba kell mutatniuk. Az intézményi együttműködéseknek új vagy már meglévő struktúrákat kell kiépíteniük vagy megerősíteniük, hogy biztosítsák az együttműködések hatékonyságát és folytonosságát.

4-es prioritási tengely – Oktatás: az oktatásba a képzésbe, többek között a szakképzésbe történő beruházás a készségek fejlesztése és az egész életen át tartó tanulás érdekében

Beruházási prioritás - Az oktatásba, a képzésbe és a szakképzésbe történő beruházás a készségek fejlesztése és az egész életen át tartó tanulás érdekében a közös oktatási, szakképzési és képzési rendszerek kidolgozása és megvalósítása révén
A határrégió hosszú távú víziójának elérése érdekében ez a beavatkozás azokat az elképzeléseket támogatja, amelyek a növekedést, valamint a speciális helyi tudásbázist népszerűsítik, továbbá kiaknázzák a kultúrákon átívelő tudásbázisban rejlő lehetőségeket.

5-ös prioritási tengely – Technikai segítségnyújtás

A Technikai segítségnyújtás olyan tevékenységeket támogat, amely a pályázók és kedvezményezettek kapacitásait erősítik a program források elérése és felhasználása érdekében. Segíti a hatékony adminisztratív eljárások kialakítását és biztosítja a projekt eredmények megfelelő ellenőrzését a mennyiségi és minőségi szempontok figyelembevételével. A technikai segítségnyújtás forrásait a megfelelő végrehajtási folyamatok, eljárások és a szükséges formanyomtatványok kidolgozására, programmenedzsmentre, ellenőrzési, értékelési, kommunikációs, és audit feladatok ellátására valamint a program intézmények és szereplők adminisztratív kapacitásainak fejlesztésére és közös munkafolyamatok kialakítására kell fordítani