Za postizanje dugoročnog cilja Programa izdvojeno je pet prioritetnih osi te, unutar njih, niz investicijskih prioriteta s pojedinačnim područjima intervencija koja mogu poslužiti kao instrument strateškog razvoja regije:

Prioritetna os (PO) Investicijski prioritet
Prioritetna os 1 - Povećanje konkurentnosti MSP-a 3c – Podrška stvaranju i unapređivanju naprednih kapaciteta za razvoj proizvoda i usluga

Prioritetna os 2 - Održivo korištenje prirodnih i kulturnih vrijednosti

6c – Očuvanje, zaštita, promocija i razvoj prirodnog i kulturnog nasljeđa
6d - Očuvanje i obnova bioraznolikosti i tla, promocija usluga vezanih uz ekosustav, uključujući kroz sustav Natura 2000 i zelenu infrastrukturu
Prioritetna os 3 – Suradnja: poboljšanje institucionalnih kapaciteta i učinkovita javna uprava 11 - poboljšanje institucionalnih kapaciteta i učinkovita javna uprava kroz promicanje suradnje u zakonodavstvu i administraciji između građana i institucija
Prioritetna os 4 – Obrazovanje: ulaganje u obrazovanje i osposobljavanje, uključujući strukovno osposobljavanje za vještine i cjeloživotno učenje kroz razvoj infrastrukture za obrazovanje i osposobljavanje 10 – ulaganje u vještine i cjeloživotno učenje kroz razvoj i provedbu zajedničkih obrazovnih aktivnosti, strukovno osposobljavanje i programe osposobljavanja
Prioritetna os 5 – Tehnička pomoć  

Prioritetna os 1 - Povećanje konkurentnosti MSP-a

Investicijski prioritet – Podrška stvaranju i unapređivanju naprednih kapaciteta za razvoj proizvoda i usluga

Investicijski prioritet usmjeren je na poticanje sposobnosti stvaranja dodane vrijednosti poduzeća iz industrijskog i uslužnog sektora kroz pružanje podrške aktivnostima razvoja proizvoda i usluga u okviru zajedničkih aktivnosti gospodarskog razvoja koje mogu dovesti do stvaranje veće ukupne dodane vrijednosti, kao i lakšeg pronalaska novih tržišta.

Prioritetna os 2 - Održivo korištenje prirodnih i kulturnih vrijednosti

Investicijski prioritet - Održavanje , očuvanje, promicanje i razvoj prirodnog te kulturnog nasljeđa

Investicijski prioritet – Očuvanje i obnova bioraznolikosti i tla, promocija usluga vezanih uz ekosustav, uključujući kroz sustav Natura 2000 i zelenu infrastrukturu

Regija raspolaže izrazito bogatim i raznovrsnim prirodnim resursima i kulturnim nasljeđem, uz veliki udio zaštićenih područja. Potencijal tih resursa za stvaranje gospodarskog rasta u prekograničnom području bolje će se aktivirati kroz njihovo očuvanje, zaštitu i razvojni proces. Predviđena ulaganja uglavnom se odnose na pretvaranje vrijednosti u atrakcije, ali u pojedinim slučajevima moguća je i konzervacija izgrađenog nasljeđa za buduću primjenu. Očekuje se da će nove atrakcije, kroz njihov razvoj i poboljšanje dostupnosti, utjecati na pojačani interes i dolazak posjetitelja u regiju te tako doprinijeti povećanju potrošnje i stabilizaciju prihoda pružateljima usluga.

Usto, u okviru ovog investicijskog prioriteta predviđeni su i razvoj i zahvati u infrastrukturu s ciljem poboljšanja dostupnosti već postojećih i potencijalnih turističkih odredišta i zajedničkog korištenja kulturnih i prirodnih vrijednosti (uključujući manje pristupne ceste, uspostavu trajektnih linija i slično).

Bit će omogućeno i ponovno korištenje značajnog dijela zaštićenih prirodnih područja s hrvatske i s mađarske strane kroz aktivnosti uklanjanja preostalih minskih polja s hrvatske strane, kao i čišćenje mađarske strane od drugih neeksplodiranih sredstava.

Prioritetna os 3 – Suradnja: poboljšanje institucionalnih kapaciteta i učinkovita javna uprava

Investicijski prioritet - poboljšanje institucionalnih kapaciteta i učinkovita javna uprava kroz promicanje suradnje u zakonodavstvu i administraciji između građana i institucija

Prekogranična suradnja može imati trajan učinak samo ukoliko počiva na razvijenom okviru upravljanja lokalnom zajednicom, u koji je uključen najširi mogući krug različitih organizacija, kao što su tijela javne uprave, nevladine organizacije, poduzeća, građani i čitav niz drugih tijela u različitim kombinacijama, bez obzira na granice, a koji pruža kontinuiranu podršku upravljajući razvojem i provedbom te suradnje vodeći se zajednički razrađenim strategijama. Slijedom toga, intervencije unutar ove prioritetne osi imaju cilj oblikovanja raznih dimenzija politika suradnje, uz stvaranje novih i učvršćivanje postojećih zajedničkih struktura i procedura kako bi se osigurao kontinuitet učinkovite suradnje u prekograničnom području.

Prioritetna os 4 – Obrazovanje: ulaganje u obrazovanje i osposobljavanje, uključujući strukovno osposobljavanje za vještine i cjeloživotno učenje kroz razvoj infrastrukture za obrazovanje i osposobljavanje

Investicijski prioritet – ulaganje u vještine i cjeloživotno učenje kroz razvoj i provedbu zajedničkih obrazovnih aktivnosti, strukovno osposobljavanje i programe osposobljavanja

Kako bi pridonijela dugoročnoj vizija za prekograničnu regiju, ova prioritetna os usmjerena je na povećanje baze znanja specifičnog za regiju, odnosno na iskorištavanje razvojnog potencijala inter-kulturalne baze znanja.

Prioritetna os 5 – Tehnička pomoć

Prioritetna os tehničke pomoći pruža podršku aktivnostima vezanima uz izgradnju kapaciteta potencijalnih korisnika i korisnika prilikom izrade projekata, prijave te korištenja dodijeljenih sredstava, odnosno one koje služe poboljšanju administrativnih procedura uz istovremeno osiguravanje kvalitetne provjere rezultata projekata kako s kvantitativne, tako i s kvalitativne strane.

Sredstva tehničke pomoći koristit će se i za pripremu programskih procesa i uzoraka dokumenata, administraciju programa, nadzor, procjenu, komunikacijske aktivnosti, reviziju, kao i za jačanje administrativnih kapaciteta programa i uobičajenih radnih procedura tijela zaduženih za provedbu programa i ostalih dionika.